Madara creció en constante competencia con su hermano menor, Izuna Uchiha. Ambos eran reconocidos como los miembros más talentosos de su clan por tener el Mangekyō Sharingan. Su competencia los condujo a obtener el Mangekyō Sharingan, y con el, fueron capaces de tomar el control del Clan Uchiha, en el cual. Madara actúaba como líder. Aún para los estándares de su clan, el chakra de Madara fue inusualmente fuerte. En una época definida por la guerra, todo lo que hizo fue la batalla, y todavía buscaba a ser aún más fuerte. Bajo su liderazgo, el clan conquistaba todo lo que encontraban. Con el tiempo, empezó a perder la vista debido al Mangekyō Sharingan. Para recuperar su visión, tomó los ojos de su hermano ( Madara dijo que su hermano estaba de acuerdo), y se ganó el Mangekyō Sharingan Eterno, lo que le permitió seguir liderando al Clan Uchiha a la prosperidad.
Años despues, el Clan Uchiha constantemente se enfrento con el clan Senju igualmente poderoso. Para poner fin a la lucha constante, el líder de los Senju, Hashirama Senju, se acercó al Clan Uchiha con una ofrenda de paz. Aunque Madara no quería la paz con los Senju, el resto del Clan Uchiha querían poner fin a los combates, y Madara no tenía más remedio que estar de acuerdo con su decisión. Los Senju y Uchiha, y todos los clanes que habían conquistado se unieron para formar la aldea oculta de la Hoja. Contra los deseos de Madara, los habitantes del pueblo elegieron como primer Hokage a Hashirama. Madara temió que Hashirama oprimiera a los Uchiha, y trató de conseguir apoyo para desafiar su liderazgo. sin embargo en lugar de ayudarlo, los Uchiha le dieron la espalda a él, creyendo que sus motivos sólo se debieron al orgullo y el deseo de más poder.
Abandonado por su clan, Madara abandonó la aldea jurando venganza;
después de regresar con el fin de impugnar a Hashirama en la batalla. Lucharon en el lugar que algún día sería llamado el Valle del Fin, donde, aunque Madara exhortó al Kyubi, fue derrotado cuando el control del Kyubi fue tomado por Hashirama, se creía que había muerto en la batalla pero salio muy mal herido apesar de su derrota logro apoderarse de un poco de las celulas de Hashirama. Pero con el tiempo él fundaría Akatsuki, además, viajo a Kirigakure en donde controlaria atraves de su Sharingan a Yagura de tal forma que Madara fue considerado como el verdadero Mizukage detras de las sombras. También luchó con Ōnoki en un momento de su vida, aunque no está claro cuándo.
Doce años antes del inicio de la serie y después del final de la Tercera Gran Guerra Mundial Shinobi, la jinchūriki del Kyubi , Kushina Uzumaki, estaba a punto de dar a luz, lo que debilita el sello que contiene al Kyubi . Madara mató a los guardias ANBU y, después de que Naruto nació, él mató a Biwako Sarutobi y Taji, y secuestro a Naruto . El padre de Naruto , Minato Namikaze, tomó a Naruto de nuevo, pero Madara escapa con Kushina. Como el sello estaba a punto de romperse y en consecuencia el Kyubi sale del cuerpo de la Jinchūriki al ser extraido por el Uchiha. Madara usó su Sharingan para poner al Kyubi bajo su control y comenzar de este modo su ataque sobre la aldea. Kushina sobrevive a la extracción, Madara intenta hacer que el Kyūbi la aplaste, pero Minato la salvó y huyó. Madara lleva al Kyūbi a Konoha para destruirla. Minato llegó y fue capaz de contener al Kyūbi, pero Madara se enfrenta a Minato para detener su intromisión. Madara rápidamente es forzado por Minato a usar su ninjutsu de tiempo-espacio. Sin embargo, Minato fue capaz de deducir el secreto detrás de la técnica y someter a Madara con una oportuna teletransportación y lo remata con un Rasengan. Minato luego libera al Kyūbi del control de Madara, herido y privado de su mejor arma (puesto que Minato puso un sello en Madara que le impediría hacerse con el control del Kyūbi), optó por huir, diciendo que el Kyūbi estaría a su control de nuevo algún día. Para enfatizar esto, él dijo que él tenía otros planes.
Al concluir el ataque del Kyūbi , en Konoha, Minato selló a la mitad del Kyūbi en su hijo y la otra mitad en si mismo, aunque a costa de su propia vida, la de su mujer y otras víctimas durante el ataque. Unos años más tarde, se infiltró en Konoha para tratar de reavivar las llamas de la guerra. Fue encontrado por Itachi, que convenció a Madara de preservar a la población a cambio de ayudar a acabar con el clan Uchiha como venganza por abandonarle décadas atras. Madara cumplio su parte del trato y entre otras cosas, aportó la asistencia de Itachi en la masacre.
