Kakuzu fue un ninja renegado de la Aldea Oculta de la Cascada y miembro de Akatsuki. Su compañero fue Hidan. A pesar de la mutua antipatía entre ambos, su trabajo en equipo fue casi perfecto, porque se complementaban mutuamente. Kisame se refiere a Hidan y Kakuzu como el "Dúo Zombie", debido al hecho de que en cierto sentido, no podían morir.
Cuando todavía era un ninja de élite leal de Takigakure, Kakuzu asumio la misión de asesinar a Hashirama Senju, el primer Hokage. Esta misión, fue un completo fracaso, por lo que lo que le esperaba de vuelta a la aldea era la deshonra y el castigo horroroso asociado con el fracaso de su misión. En respuesta a este trato, un incorrecto castigo contra un shinobi miembro de la aldea que había puesto la vida en riesgo, Kakuzu sostuvo un odio violento hacía su aldea cuando escapo del encarcelamiento.
En su huida de la aldea, mató a los ancianos de la aldea, tomo sus corazónes, y huyó con el conocimiento de las técnicas prohibidas más preciadas de la aldea. Finalmente, se unió a Akatsuki, y se le dio un número de compañeros, la mayoría de los cuales mató. Pain declaró que su razón para unirse a Akatsuki eran "recursos".
La primera misión conocida fue la de capturar al Jinchūriki que contenía al Bijū de dos colas. Su siguiente misión era capturar a Naruto, como portador del Kyūbi. Su deseo de conseguir dinero le hace ir a un monasterio budista del País del Fuego, para capturar a Chiriku, un monje cuya cabeza está muy bien valorada en el mercado negro de los criminales. Tras cobrar la recompensa por el monje, Hidan y él se ven atrapados por Asuma, Shikamaru y dos chūnin más de Konoha. La única intervención que hace en esta pelea es para retener a los dos chūnin con sus brazos extensibles, y para volver a coser la cabeza de Hidan a su cuerpo cuando se la corta.
En su siguiente encuentro con los ninjas de Konoha, Kakashi le atraviesa el corazón con el Chidori, pero entonces él revela que tiene aún cuatro más que le mantienen vivo. En su espalda, normalmente cubierta por atuendo de Akatsuki, hay cuatro máscaras, que pueden abandonar el cuerpo tomando la forma de cuatro monstruos hechos con los mismos hilos que Kakuzu lleva por dentro, y que él controla directamente. Kakashi había matado a una de ellas, que nada más salir cae al suelo. Kakuzu sigue su combate con los de Konoha, mientras que Shikamaru engaña a Hidan de tal forma que provoca la muerte de otro de los corazones de Kakuzu, al hacerle usar sangre de su propio compañero en su técnica del sacrificio. Afirma entonces que hacía mucho que nadie había conseguido acabar con dos de sus corazones en la misma pelea.
Los dos fantasmas restantes regresan a su cuerpo, que al hacerlo se convierte en una gran maraña de cables saliendo por entre todas las suturas y la espalda. Las dos máscaras restantes aparecen sobre sus hombros. Naruto usa sobre él su nueva técnica, pero falla por retrasarse demasiado en llevarla a cabo. Kakuzu desarrolla luego una mayor cantidad de cables que salen de él formando como colas o alas (siete a su espalda y una por la boca), preparándose para un siguiente ataque. Por primera vez cae la máscara de su cabeza y se ve que lleva el pelo largo de color negro.
Naruto reinicia su técnica Fūton: Rasen Shuriken pero Kakuzu parece esquivarle, para descubrir entonces que toda esa técnica era una distracción, y que por la espalda le llega otra igual que impacta de lleno, destruyendo las dos máscaras restantes por completo. La técnica, usada aquí por primera vez deja un cráter gigantesco (a pesar de ser usada en el aire) al que cae el cuerpo semidescosido de Kakuzu
Kakuzu queda tendido en el fondo del cráter, y no consigue explicarse
como unos ninjas tan jóvenes han podido vencerle. Kakashi le responde que una generación siempre supera a la anterior, y que es el momento de que él muera y de que los jóvenes sigan adelante, tras lo cual procede a rematarle con el raikiri, puesto que aún le quedaba su propio corazón. Su cadáver es transportado a Konoha, donde la misma Tsunade le realiza la autopsia.En la autopsia se confirma que la verdadera causa de su muerte fue por el daño infligido por el Fūton: Rasen Shuriken.
Más tarde, es resucitado por Kabuto, junto con Itachi, Nagato, Deidara y Sasori, a través del Jutsu:Resucitación Impura, como una demostración de poder a Madara Uchiha.
Cuando se dio la orden de salir al campo de batalla, se trasladó en la misma dirección de Itachi, mientras que lleva a Nagato en la espalda ya que este último ya no puede caminar. Más tarde, Kakuzu sale del agua, junto con el Ejército de Zetsu Blanco y otros ninja como Dan, Asuma Sarutobi, y Hizashi Hyuga para luchar contra la Primera División. Mientras Kakuzu estrangula a múltiples shinobi con su jutsu, mira la transformación de Kinkaku, señalando que no la había visto en mucho tiempo.
Kakuzu se encuentra rápidamente con los miembros del nuevo Ino-Shika-Cho, y le dice a Shikamaru que si él está todavía vivo, él probablemente decapito a Hidan para detenerlo, por el hecho de que Hidan no se encuentra entre los resucitados, aun sigue vivo. Kakuzu recoge el último corazón de un ninja y procede a liberar a sus máscaras. Además, Kakuzu les dice que a pesar de que han capturado a los Hermanos de Oro y Plata, tienen más piezas de su lado, apuntando a Dan y Asuma. Antes de hacer cualquier otro movimiento, los brazos de Kakuzu son cortados por Kotetsu Hagane y Izumo Kamizuki, mientras lo envolvía con cadenas.